Счетная палата выразила недовольства тем, как реализуется программа по ГЛОНАСС. Трижды - в 2006, 2008 и 2010 годы - в нее вносились изменения, в результате общие плановые объемы финансирования увеличились в 5,9 раза.
Счетной палатой РФ была проведена проверка того, как выполняется план по развертыванию навигационной системы ГЛОНАСС. К 2011 г. требуемые значения были достигнуты лишь по 18 из 28 показателей эффективности реализации ее выполнения, а уровень оснащения объектов транспортной инфраструктуры средствами ГЛОНАСС при плане 75% составил 22,6%.
Счетной палатой была проведена проверка расходов по федеральной целевой программе «Глобальная навигационная система», в результате которой было установлено, что работы были выполнены лишь на две трети.